เดิมสถานที่ตั้งของโรงเรียน เป็นสถานที่ก่อสร้างขึ้นบนเนื้อที่ ๒ ไร่ ๓ งาน ๙๔ ตารางวา เพื่อเป็นที่ทำการแขวง แผนกทะเบียนของเขตพระโขนง ด้วยงบประมาณของกระทรวงมหาดไทย และงบพัฒนาจังหวัดกรุงเทพมหานคร เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๑๐ แต่มิได้ใช้ประโยชน์

เมื่อวันที่ ๔ กันยายน พ.ศ. ๒๕๑๒ กองการศึกษาเทศบาลนครกรุงเทพ ขอใช้อาคารจากนายอำเภอ ศิวเรศ ณ นครพนม เปิดเป็นโรงเรียนเทศบาลแจ่มจันทร์ สังกัดแผนกโรงเรียน กองการศึกษา ฝ่ายการศึกษา และสวัสดิการสังคม โดยรับนักเรียนจากโรงเรียนเทศบาลวัดธาตุทองเปิดเรียน ๔ ระดับ ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๔ จำนวน ๔ ห้องเรียน มีนักเรียนชายและหญิง ๙๖ คน ครู ๔ คน มีนายมนูญ ศรีกุล ครูใหญ่โรงเรียนเทศบาลวัดธาตุทอง รักษาการครูใหญ่จนถึงวันที่ ๑๑ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๓ นายสุพัฒน์ ทรงศรีเจริญ มาดำรงตำแหน่งอยู่เพียงเดือนเศษ นางสมัย บุณยประสพ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เมื่อวันที่ ๒๓ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๑๓

ปี พ.ศ. ๒๕๑๔ ขยายชั้นเรียน จากชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๗ โดยเพิ่ม

ปีละ ๑ ระดับชั้น มีนักเรียนเป็น ๒๖๐ คน ครู ๑๐ คน

ปี พ.ศ. ๒๕๑๖ เปลี่ยนเป็นโรงเรียนแจ่มจันทร์ สังกัดเขตพระโขนง สำนักการศึกษารับผิดชอบร่วมกันในการจัดการศึกษา มีนักเรียน ๘๙๐ คน ครู ๒๑ คน เปิดเรียน ๒ รอบ

ปี พ.ศ. ๒๕๑๗ ได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่นของกรุงเทพมหานคร

ปี พ.ศ. ๒๕๑๙ เป็นโรงเรียนขนาดใหญ่มีนักเรียน ๑,๑๒๙ คน ครู ๔๙ คน

ปี พ.ศ. ๒๕๒๐ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน ๓ ชั้น ๑ หลัง และโรงกิจกรรมขนาด ๖ x ๑๘ เมตร

ปี พ.ศ. ๒๕๒๒ ได้รับรางวัลชมเชยเรื่องการเรียนการสอน

ปี พ.ศ. ๒๕๒๓ ได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่นของกรุงเทพมหานคร ประเภทการเรียนการสอน

ครูหลายท่านได้รับเชิญเป็นวิทยากรจัดการอบรมด้านการเรียนการสอนแก่โรงเรียนในสังกัดกรุงเทพมหานคร และต่างสังกัด ทั้งในกรุงเทพมหานครและต่างจังหวัด

ปี พ.ศ. ๒๕๒๖ จำนวนนักเรียนเริ่มลดลง เนื่องจากมีการย้ายชุมชนออกไปหลายแหล่งเพื่อก่อสร้างเป็นตึกอาคารสูงหลายชั้น

ปี พ.ศ. ๒๕๒๙ โรงเรียนได้รับเลือก เป็นโรงเรียนแกนนำด้านวิชาการของเขตพระโขนง

ปี พ.ศ. ๒๕๓๒ เขตพระโขนงแบ่งเขตพื้นที่การปกครองเป็น ๔ เขต ประกอบด้วย เขตพระโขนง เขตประเวศ เขตสวนหลวง และเขตคลองเตย โรงเรียนจึงเปลี่ยนเป็นสังกัดเขตคลองเตย

ปี พ.ศ. ๒๕๕๑ ได้รับงบประมาณจากสำนักการศึกษากรุงเทพมหานคร สร้างอาคารเรียน ๕ ชั้น จำนวน ๑ หลังทุบรื้อถอนอาคาร ๑ ที่ชำรุดทรุดโทรม

ปี พ.ศ. ๒๕๕๒ ได้รับรางวัลโรงเรียนส่งเสริมสุขภาพระดับเหรียญทอง

ปี พ.ศ. ๒๕๕๔ โรงเรียนได้รับงบประมาณพัฒนาสถานที่เป็นโรงเรียนต้นแบบด้านกายภาพ

ปี พ.ศ. ๒๕๕๕ ได้รับงบประมาณพัฒนาห้องสมุด e – Library และได้รับคัดเลือกเข้าร่วมโครงการพัฒนาศักยภาพทางด้านดนตรี กับ KPN

ปี พ.ศ. ๒๕๕๖ ได้รับป้ายพระราชทานโครงการบ้านวิทยาศาสตร์น้อยและได้รับเกียรติบัตรจาก

โครงการกรุงเทพมหานครสะอาดร่มรื่น ( Bangkok Clean and green )

ปี พ.ศ. ๒๕๕๗ ได้รับรางวัลโรงเรียนประชาธิปไตยตัวอย่าง จากสำนักงานส่งเสริมเอกลักษณ์ของชาติ สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี เมื่อ ๑๗ พฤศจิกายน ๒๕๕๗

ปี พ.ศ. ๒๕๕๘ ได้รับโล่ประกาศเกียรติคุณเป็นโรงเรียนต้นแบบที่มีผลงานดีเด่นด้านการจัดการขยะและสิ่งแวดล้อมตามโครงการจัดการขยะและสิ่งแวดล้อม เมื่อ ๑๓ มกราคม ๒๕๕๘

ปี พ.ศ. ๒๕๖๐ ได้รับรางวัลโรงเรียนเศรษฐกิจพอเพียง